Em 1991, surgiam rumores de que Mercury estava com AIDS, o que se confirmaram em uma declaração feita por ele mesmo em 23 de novembro, um dia antes de morrer, vindo a falecer na noite de 24 de novembro de 1991, em sua própria casa, chamada de Garden Lodge. Sua morte causou repercussão e tristeza em todo o mundo. A casa de Freddie Mercury, passada por testamento à sua ex-namorada, Mary Austin, recebeu muitos buquês de flores na época e continua a receber até hoje. O corpo de Freddie Mercury foi cremado e por isso infelizmente não existe túmulo para homenageá-lo.Em 25 de novembro de 1992, foi inaugurada uma estátua em sua homenagem, com a presença de Brian May, Roger Taylor, da cantora Montserrat Caballé, Jer e Bomi Bulsara (pais de Freddie) e Kashmira Bulsara (irmã de Freddie), em Montreux, na Suíça, cidade adotada por Freddie como seu segundo lar. Os membros remanescentes do QUEEN fundaram uma associação de caridade em seu nome, a The Mercury Phoenix Trust, e organizaram, em 20 de abril de 1992, no Wembley Stadium, o concerto beneficente The Freddie Mercury Tribute Concert, para homenagear o trabalho e a vida de Freddie.
Curiosidades sobre o mito
• Freddie Mercury, por toda sua vida, nunca soube dirigir qualquer automóvel.
• Freddie tinha uma paixão peculiar por gatos. Essa paixão era tão exagerada que, durante o intervalo de gravações do álbum Innuendo, ele apresentou uma música em homenagem a sua gata, Delilah. O problema é que o baterista, Roger Taylor, não gostou da música e saiu do estúdio, só voltando no dia seguinte. Mesmo assim, a música homônima ao felino foi gravada.
• Seu maior sonho era cantar ao lado de Montserrat Caballé, realizando-o em 1988, com o álbum Barcelona.
• No anime chamado Cromartie High School, há um personagem chamado Freddie, uma paródia do vocalista da banda Queen.
• Freddie também aparece no anime e no mangá Beck - Mongolian Chop Squad, em sonhos tidos pelos protagonistas dos mesmos.
• Freddie nunca se casou com Mary Austin, foram apenas namorados. Mesmo depois de terminarem, continuaram grandes amigos. Grande parte de sua herança foi destinada a ela.
• Morreu no mesmo dia que o baterista da banda Kiss, Eric Carr.
• A banda jamais viajava junto, de avião. Os quatro integrantes viajavam de dois em dois em aviões separados, pois, se o avião caísse, a banda poderia continuar com os outros dois integrantes.
• John Deacon, baixista da banda, era muito próximo a Freddie, tendo dividido várias composições de sucesso com o cantor. Em homenagem ao amigo decidiu se retirar do mundo da música após o final do Queen.
• Sua bebida preferida era champagne.
• Era grande admirador de John Lennon.
• Fã declarado de Freddie, Akira Toriyama, o criador do anime Dragon Ball, fez o professor de baseball de Gohan em homenagem a Freddie.
O dia 24 de Novembro, é uma data triste a ser lembrada, pois o mundo perdia uma das grandes vozes da música, Freddie Mercury, que perdeu sua luta contra Aids.